В музее хранится большая и содержательная коллекция предметов флотской формы одежды. В ней представлена униформа моряков от зарождения Российского флота до наших дней. К числу раритетов относятся колет Петра I, мундир генерал-адмирала Великого князя Константина Николаевича, форма одежды известных советских флотоводцев.
В собрании фонда находятся также альбомы рисунков, акварелей и фотографий, отражающие форму одежды чинов Российского флота. Обширна коллекция флагов и знамен. Бережно хранится одна из реликвий Российского флота — Георгиевский флаг линейного корабля "Азов", который стал первым кораблем, удостоенным этой высокой награды. Под командованием М.П.Лазарева корабль отличился в Наваринском сражении 8 октября 1827 года.
В музее хранятся и экспонируются трофейные военно-морские флаги, гюйсы и знамена. Среди них - уникальный флаг Царя Московского 1693 года - триколор с двуглавым орлом.
Коллекция предметов фалеристики и нумизматики насчитывает более 36 000 единиц. В ней — памятные медали на тему побед русского флота, а также редкие монеты и денежные знаки.