Неувядаемой славой покрыли себя моряки Балтийского флота в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. Они обороняли Талинн, Моонзундские острова, полуостров Ханко, участвовали в обороне Ленинграда, поддерживали наступление сухопутных войск в Прибалтике, Восточной Пруссии и Восточной Померании, высаживали тактические и оперативные десанты в тыл вражеских войск, осуществляли перевозки крупных группировок Красной Армии.
Этому небольшому, но очень важному в истории нашей страны периоду посвящена отдельная экспозиция. В ней представлены предметы обмундирования, подлинные документы, награды, фотографии, оружие моряков-балтийцев – участников Великой Отечественной войны и их личные вещи.
Наиболее интересные из них – сумочка и гребень младшего лейтенанта санинструктора Александры Серебровской, погибшей при взятии Пиллау, смертный медальон бойца Острова Константина Алексеевича, которому посчастливилось выжить после контузии при штурме цитадели Пиллау.
Особое место в витрине занимают листовки, датированные мартом – апрелем 1945 года с обращением к немецким солдатам сдаться и прекратить бессмысленное кровопролитие, две из которых подписаны генералом Отто Ляшем – комендантом города и крепости Кенигсберг. 9 апреля Ляш отдал приказ о капитуляции гарнизона и по радио обратился к немецким войскам с призывом прекратить сопротивление.